Single-Use-Systeme (SUS) garantieren eine hohe Sauberkeit und Sterilität vor jeder neuen Charge. Edelstahlkomponenten hingegen lassen sich von innen nur schwer reinigen und schlecht auf Rückstände überprüfen; daher kann ihre vollständige Sauberkeit nicht zu 100 % garantiert werden. Eine Kreuzkontamination zwischen verschiedenen Produkten kann ebenfalls nicht ausgeschlossen werden. Durch die Vermeidung von Mehrfachnutzung und den Einsatz von Single-Use-Assemblies wird hingegen die Sauberkeit und Kontaminationsfreiheit sichergestellt.
Ein weiterer Vorteil ist die Flexibilität. Single-Use-Assemblies können ganz individuell konfiguriert werden; somit können in gleichen Räumlichkeiten viele unterschiedliche Produkte hergestellt werden. Bei einem Produktwechsel an einer Edelstahlanlage ist dies fast immer mit einem Umbau und einer Neuqualifizierung verbunden.